Tomáš Pluskal

All publications

Latest publications

transXpress: a Snakemake pipeline for streamlined de novo transcriptome assembly and annotation

T. R. Fallon T. Čalounová M. Mokrejš J. Weng T. Pluskal

BMC Bioinformatics 24: 133 (2023)

Integrative analysis of multimodal mass spectrometry data in MZmine 3

R. Schmid S. Heuckeroth A. Korf A. Smirnov O. Myers T. S. Dyrlund R. Bushuiev K. J. Murray N. Hoffmann M. Lu A. Sarvepalli Z. Zhang M. Fleischauer K. Dührkop M. Wesner S. J. Hoogstra E. Rudt O. Mokshyna C. Brungs K. Ponomarov L. Mutabdžija T. Damiani C. J. Pudney M. Earll P. O. Helmer T. Fallon T. Schulze A. Rivas-Ubach A. Bilbao H. Richter L. Nothias M. Wang M. Orešič J. Weng S. Böcker A. Jeibmann H. Jeibmann U. Karst P. C. Dorrestein D. Petras X. Du T. Pluskal

Nature Biotechnology 41: 447–449 (2023)

Guiding the choice of informatics software and tools for lipidomics research applications

Z. Ni M. Wölk G. Jukes K. Mendivelso Espinosa R. Ahrends L. Aimo J. Alvarez-Jarreta S. Andrews R. Andrews A. Bridge G. C. Clair M. J. Conroy E. Fahy C. Gaud L. Goracci J. Hartler N. Hoffmann D. Kopczyinki A. Korf A. F. Lopez-Clavijo A. Malik J. Miranda Ackerman M. R. Molenaar C. O’Donovan T. Pluskal A. Shevchenko D. Slenter G. Siuzdak M. Kutmon H. Tsugawa E. L. Willighagen J. Xia V. B. O’Donnell M. Fedorova

Nature Methods 20: 193–204 (2023)

Software and Computational Tools for LC-MS-Based Epilipidomics: Challenges and Solutions

T. Damiani S. Bonciarelli G. G. Thallinger N. Koehler C. A. Krettler A. K. Salihoğlu A. Korf J. K. Pauling T. Pluskal Z. Ni L. Goracci

Analytical Chemistry 95 (1): 287–303 (2023)