Tomáš Pluskal

All publications

Latest publications

Using structured libraries, selection, and machine learning to rapidly explore the sequence space of a fluorescent deoxyribozyme

J. Kurfürst M. Volek R. Samusevich T. Pluskal E. A. Curtis

Nucleic Acids Research 53 (22): gkaf1348 (2025)

A resource to empirically establish drug exposure records directly from untargeted metabolomics data

H. N. Zhao K. E. Kvitne C. Brungs S. Mohan V. Charron-Lamoureux W. Bittremieux R. Tang R. Schmid S. Lamichhane S. Xing Y. El Abiead M. S. Andalibi H. Mannochio-Russo M. Ambre N. E. Avalon M. Bryant L. A. Burnett A. M. Caraballo-Rodriguez M. Casas Maya L. Chin L. Corominas R. J. Ellis D. Franklin S. Girod P. W. P. Gomes L. Hansen R. K. Heaton J. E. Iudicello A. K. Jarmusch L. Khatib S. Letendre S. Magyari D. McDonald I. Mohanty A. Cumsille D. J. Moore P. Rajkumar D. H. Ross H. Sapre M. R. Z. Shahneh R. Gil-Solsona S. P. Thomas C. Tribelhorn H. M. Tubb C. Walker C. X. Wang J. Zemlin S. Zuffa D. S. Wishart P. Gago-Ferrero R. Kaddurah-Daouk M. Wang M. Raffatellu K. Zengler T. Pluskal L. Xu R. Knight S. M. Tsunoda P. C. Dorrestein

Nature Communications 16: 10600 (2025)

MARTS-DB: a database of mechanisms and reactions of terpene synthases

M. Engst M. Brokeš T. Čalounová R. Samusevich R. Bushuiev R. Chatpatanasiri A. Tajovská S. M. Akmeşe M. Perković M. Soldát J. Sivic T. Pluskal

BMC Bioinformatics 2025: Early View

MSⁿLib: efficient generation of open multi-stage fragmentation mass spectral libraries

C. Brungs R. Schmid S. Heuckeroth A. Mazumdar M. Drexler P. Šácha P. C. Dorrestein D. Petras L. Nothias V. Veverka R. Nencka Z. Kameník T. Pluskal

Nature Methods 22: 2028–2031 (2025)