Profil

VZDĚLÁNÍ
1998-2003

Student Přírodovědecké fakulty Univerzity Karlovy v Praze, obor biochemie. Vzdělání ukončeno státní zkouškou v r.2003 a byl udělen titul Mgr.

V letech 2001 – 2003 byla vykonána diplomová práce „Rezistence u HIV pozitivních pacientů léčených inhibitory HIV proteasy“ na Ústavu organické chemie a biochemie Akademie věd ČR pod vedením doc. RNDr. Jana Konvalinky, CSc.

V roce 2004 udělen titul RNDr. po státní rigorózní zkoušce.


2006-2010

Student kombinovaného doktorského studia na Přírodovědecké fakultě UK a Ústavu organické chemie a biochemie AV ČR.

Disertační práce : „Objev, návrh a charakterizace nových nepeptidových inhibitorů HIV-1 proteasy“.

VĚDECKÉ A AKADEMICKÉ POZICE
od roku 2010

Vědecký pracovník ve skupině Prof. Jana Konvalinky, Ph.D. na Ústavu organické chemie a biochemie Akademie věd České republiky

od roku 2018

Školitel studentů doktorského studia na 1. lékařské fakultě University Karlovy v Praze

OCENĚNÍ
2014

Prémie Otto Wichterleho vybraným, mimořádně kvalitním a perspektivním vědeckým pracovníkům Akademie věd České republiky, kteří přispívají vynikajícími výsledky k rozvoji vědeckého poznání

2011

Cena Josefa Hlávky pro talentované studenty v bakalářském, magisterském a doktorském studiu, kteří prokázali výjimečné schopnosti a tvůrčí myšlení ve svém oboru

2008

Cena poroty za nejlepší plakátovou prezentaci „Kinetic, Structural and Thermodynamic Characterization of HIV Protease with Insertion in the Flap Region Isolated from and HIV-Positive Patient“ na konferenci Applications of Biocalorimetry (abc6) v Heidelbergu, Německo

Načíst více
HLAVNÍ VĚDECKÉ ZÁJMY

Racionální návrh a charakterizace inhibitorů chřipkové polymerasy

Hejdánek et al. Antivir Res 2021; Gregor et al. Molecules 2021; Zima et al. Eur J Med Chem 2020

Racionální návrh a charakterizace inhibitorů chřipkové neuraminidasy
Zima et al. Bioorg Med Chem 2019; Pokorná et al. Viruses 2018; Berenguer Albiñana et al. Eur J Med Chem 2016

Mikrokalorimetrie při studiu molekulárních interakcí biomolekul a stability proteinů 
Vavřina et al. Biochemistry 2021; Rulíšek et al. Angew Chem Int Ed 2021; Began et al. EMBO J 2020; Heyda et al. J Phys Chem B 2011; Vaněk et al. J Med Chem 2009; Řezáčová et al. Mol Microbiol 2008; Král et al. Proteins 2008; Kožíšek et al. Eur J Biochem 2008; Vondrášek et al. Chem Eur J 2007

Metody pro studium interakcí protein-protein a protein-ligand (HTS, AlphaScreen, SPR, ITC, DSC)
Kožíšek et al. Biochem J 2018; Trempe et al. Sci Rep 2016; Sivá et al. Sci Rep 2016; Németh et al. J Inorg Biochem 2015; Rozbeský et al. Int J Mol Sci 2014; Németh et al. Protein Sci 2014; Németh et al. J Biol Inorg Chem 2014; Motáčková et al. Biomol NMR Assign 2009

Studium resistence u HIV pozitivních pacientů léčených inhibitory HIV proteasy
Kožíšek et al. FEBS J 2014; Grantz Šašková et al. J Virol 2014; Schimer et al. J Med Chem 2012; Kožíšek et al. Antimicrob Agents Chemother 2012; Grantz Šašková et al. J Virol 2009; Grantz Šašková et al. Protein Sci 2008; Bartoňová et al. Antivir Res 2008; Kožíšek et al. J Mol Biol 2007

Racionální návrh a charakterizace metalokarboranových inhibitorů HIV-1 proteasy 
Řezáčová et al. J Med Chem 2009; Kožíšek et al. J Med Chem 2008; Kubát et al. J Phys Chem B 2007; Cígler and Kožíšek et al. Proc Natl Acad Sci USA 2005

Studium inzercí v HIV protease
Kožíšek et al. J Virol 2008

Studium kapsidového proteinu a sbalování viru HIV
Machara et al. J Med Chem 2016; Kožíšek et al. Bioorg Med Chem Lett 2016; Doležal et al. J Biol Chem 2016

Nejnovější publikace

Synthesis and In Vitro Evaluation of C-7 and C-8 Luteolin Derivatives as Influenza Endonuclease Inhibitors
International Journal of Molecular Sciences 22 (14): 7735 (2021)
Ligand Strain and Its Conformational Complexity Is a Major Factor in the Binding of Cyclic Dinucleotides to STING Protein
Angewandte Chemie International Edition 60 (18): 10172-10178 (2021)
Protein–Ligand Interactions in the STING Binding Site Probed by Rationally Designed Single-Point Mutations: Experiment and Theory
Biochemistry 60 (8): 607–620 (2021)
Structural and Thermodynamic Analysis of the Resistance Development to Pimodivir (VX-787), the Clinical Inhibitor of Cap Binding to PB2 Subunit of Influenza A Polymerase
Molecules 26 (4): 1007 (2021)