Studium diverzity RNA čepiček pomocí LC–MS sekvenování

Nedávný objev netradičních RNA čepiček, jako jsou NAD a CoA, vedl k zásadnímu přehodnocení strukturální rozmanitosti RNA ve všech typech buněk. V naší výzkumné skupině jsme identifikovali zcela novou třídu RNA čepiček – dinukleosid polyfosfáty (NpnN) – které se vyskytují jak v bakteriálních, tak v eukaryotických buňkách. Tento objev otevírá nové otázky týkající se diverzity a funkce 5′ konců RNA.

Cílem tohoto projektu je vyvinout robustní a spolehlivou metodu sekvenování RNA založenou na kombinaci kapalinové chromatografie a hmotnostní spektrometrie (LC-MS) s využitím různých selektivních RNáz. Vyvinutá metodika bude aplikována ke studiu vlastností 5′ konců různých nekódujících RNA, zejména snRNA a snoRNA, a ke kvantifikaci stupně methylace kanonické mRNA čepičky, což umožní rozlišení mezi čepičkou typu 1 a 2.

Kromě základního výzkumu poskytne tato metoda také univerzální nástroj pro analýzu a kontrolu kvality mRNA používaných v biotechnologických a terapeutických aplikacích, čímž propojí fundamentální výzkum RNA s jeho praktickým využitím.

Studijní program: Vývojová a buněčná biologie